Avant de pratiquer la rTMS, le médecin prescrit généralement une IRM.
Tout d’abord, le patient s’installe sur le fauteuil dédié. L'infirmier va ensuite localiser la zone spécifique à traiter et positionner précisément la bobine de cuivre autour de la tête, en veillant à son inclinaison. Le générateur qui permet de lancer des salves répétitives est alors mis en marche. La séance dure environ 20 minutes.
Le traitement peut être réalisé en hospitalisation complète ou en ambulatoire. Le patient peut repartir immédiatement après la séance.
Généralement, les séances doivent être quasiment quotidiennes (5 jours sur 7) et durer plusieurs semaines pour que les résultats perdurent. Certaines séances peuvent être ensuite espacées d’un mois.