Le plus souvent, ce sont des douleurs nociceptives qui sont associées à une atteinte inflammatoire des tissus. Elles sont liées à l'activation des récepteurs de la douleur, qui peuvent également rester actifs après la disparition des lésions.
Ces douleurs peuvent également être associées à des douleurs nociplastiques qui surviennent sans qu’il y ait de lésion, comme dans la fibromyalgie. Elles résultent alors d’un dysfonctionnement des structures modulant la douleur.
Ainsi, 40% des personnes avec une polyarthrite rhumatoïde précoce présentent des douleurs persistantes malgré une inflammation contrôlée, dont 20% ont une fibromyalgie associée.